Существуют индивидуальные и общие противопоказания. Фотодерматоз (повышенная чувствительность кожи к свету, аллергия на солнце) является абсолютным противопоказанием к лечению лазером. Индивидуальная непереносимость лазерного света, тяжелые состояния при хронических заболеваниях и острых инфекциях. В методических указаниях Минздрава РФ в качестве противопоказаний также значатся инфаркты, инсульты, гипертония. К общим противопоказаниям также относится онкология. Однако врачи успешно лечат лазером некоторые формы рака (например, опухоли полости рта).